Муносибатҳои дипломатӣ байни Ҷумҳурии Тоҷикистон ва Ҷумҳурии Молдова 26 январи соли 1993 барқарор гардиданд.
Аз замони барқарор шудани муносибатҳои дипломатӣ, муносибатҳои дуҷониба ва бисёрҷонибаи Тоҷикистон ва Молдова тибқи нишондодҳои муносибатҳои кишварҳои собиқи шӯравӣ дар давраи пасошӯравӣ рушд ёфтанд.
Онҳо дорои рӯҳияи эътимоди тарафайн, қаробати мавқеъ дар масъалаҳои инфиродӣ ва минтақавӣ, дастгирии ҳамаҷонибаи ташаббусҳои якдигар дар доираи созмонҳои минтақавӣ ва байналмилалӣ, инчунин ҳамкорӣ ва тамосҳо дар сатҳҳои мухталиф дар доираи ИДМ, ки заминаи асосии мусоиди ташкили ҳамкориҳои гуногунҷанба мебошанд.
Афзалиятҳои равобити бисёрҷонибаи ду кишвар дар заминаи вазифаҳои муштарак дар доираи Иттиҳоди Давлатҳои Мустақил баррасӣ мешаванд, ки ҳарду давлат аъзои он мебошанд, ба монанди таҳкими амният ва субот дар саросари ИДМ ва ба рушди минбаъдаи робитаҳои тиҷоративу иқтисодӣ мусоидат менамоянд.
Ҳангоми мулоқотҳои дуҷониба ва ҳангоми сафари расмии Президенти Ҷумҳурии Молдова ба Ҷумҳурии Тоҷикистон (5-7 ноябри соли 2002) масъалаҳои муносибатҳои дуҷониба, масъалаҳои воқеӣ минтақавӣ ва байналмилалии мавриди таваҷҷӯҳи тарафайн мубодилаи афкор сурат гирифт.
Дар рафти сафар як қатор санадҳои байнидавлатӣ, байниҳукуматӣ ва байниидоравӣ ба имзо расиданд.
Ҷузъи муҳими ҳамоҳангсози дар рушд ва амиқсозии ҳамкориҳои гуногун Комиссияи байниҳукуматии Тоҷикистону Молдова оид ба ҳамкориҳои тиҷоративу иқтисодӣ ва илмию техникӣ мебошад, ки соли 2004 таъсис ёфтааст.
10-11 декабри соли 2018 дар шаҳри Кишинёви Ҷумҳурии Молдова ҷаласаи сеюми Комиссияи байниҳукуматии Тоҷикистону Молдова оид ба ҳамкориҳои тиҷоративу иқтисодӣ ва илмию техникӣ баргузор гардид.
Дар рафти мулоқот масъалаҳои маҷмӯи ҳамкориҳои дуҷониба дар соҳаи иқтисод ва савдо, сармоягузорӣ ва дастгирии соҳибкории хурду миёна, ҳифзи муҳити зист, рушди минтақа, меъморӣ, шаҳрсозӣ, тандурустӣ, маориф, илм, фарҳанг, ҳифзи иҷтимоии аҳолӣ, сиёсати ҷавонон, тарбияи ҷисмонӣ ва варзиш, кишоварзӣ, энергетика, туризм ва нақлиёт баррасӣ гардиданд.
Дар маҷмӯъ муносибатҳо бо Молдова дар мавқеи назидики ҷонибҳо оид ба бисёр масъалаҳои мубрами рӯзномаи дуҷониба ва масъалаҳои байналмилалӣ ва минтақавӣ асос ёфтаанд.